平静的东京湾突然发生海难，当人们还在猜想是否海底火山爆发时，一只巨大的怪兽冒出水面并登陆城区。日本政府主导成立了“巨大不明生物灾害部”，网罗了国家中的奇人异士加盟，研究发现怪兽是受到放射性污染而诞生